O baixo volume de vendas dos vários spinoffs da Liga da Justiça nos meados da década de 1990 levou a DC Comics a reformular a Liga como uma única equipe em um único título (todas as outras equipes foram desmanteladas e tiveram seus títulos cancelados). Com isso, a nova Liga da Justiça da América foi formada em setembro de 1996 da minissérie Justice League: A Midsummer's Nightmare, escrita por MarkWaid e desenhada por Fabian Nicieza.
Na trama, a enigmática figura do Conhecedor, grande vilão da história e profeta de uma ameaça ainda desconhecida, manipulando as capacidades de Doutor Destino, conferiu superpoderes a uma parcela crescente da população global, de modo a comprometer a segurança do planeta, enquanto os verdadeiros super-heróis permaneciam com a memória bloqueada, julgando-se indivíduos comuns.
Segundo a origem que ele mesmo revelou, o Conhecedor era, na verdade, um ser ancestral do homem, agraciado com a imortalidade e o dom da curiosidade intelectual por um dos Controladores, de quem herdou ainda a missão de criar uma arma antiguerra, que protegesse o setor da Terra. O objetivo do Conhecedor, portanto, era deixar a humanidade preparada para enfrentar a força maligna que se aproximava, o que ele descrevia apenas como "o inevitável", "um horror inimaginável... fogo e raios caindo do céu" e "o maior dos guerreiros". Ao ser derrotado pela Liga, disse também: "Não sei exatamente o que é, ou como vai atacar... mas, quando isso acontecer, será repentinamente e sem aviso!"
Derrotado e com tudo de volta ao normal, a Liga da Justiça estava oficialmente reestruturada com os sete magníficos: Superman (Kal-El / Clark Joseph Kent), Batman (Bruce Wayne), Mulher Maravilha (Diana de Themyscira), Aquaman (Orin / Arthur Curry), Lanterna Verde (Kyle Rayner), Flash (Wally West) e Caçador de Marte (J’onn J’onzz).
Em 1997, a DC Comics lançou uma nova série intitulada JLA (Justice League), escrito por Grant Morrison com arte de Howard Porter e John Dell. Morrison ficou comoescritor para a série até a edição de número 41. Apesar disso, JLA # 18 - # 21 e # 33foram escritas por Mark Waid. Mark Millar, Devin Grayson e Mark Waid, e JM DeMatteis escreveram as edições # 27, # 32 e # 35 respectivamente. O escocês Grant Morrison e suas histórias complexas são consideradas os grandes responsáveis pelo grande sucesso dessa fase.
No primeiro arco de histórias, temos o fim da Liga da Justiça anterior (Nuklon, Dama de Gelo, Metamorfo, Manto Negro) quando sua base é atacada por alienígenas (na verdade o Hyperclan, como revelado posteriormente) e Rex Mason, o Metamorfo, se “sacrifica” usando seus poderes para levar seus colegas com segurança a Terra. Enquanto isso, o mundo conhece o Hyperclan (Protex, Zum, Zenturion, Armek, E-Mortal, Fluxus, Tronix e Primaid), um grupo de extraterrestres que vem para a Terra afirmando ter tecnologia para acabar com todos os males da humanidade, como a fome, a guerra e as doenças. Eles acabam viajando pelo mundo disseminando a paz e alegria. Porém, nem tudo é o que parece, o Hyperclan está executando diversos vilões e atacando todos vilões e heróis com poderes com base no fogo com uma misteriosa doença. Com a Liga da Justiça desacreditada, graças aos poderes mentais dos extraterrestres, o novo grupo, entretanto, acaba recebendo toda a atenção da mídia pelos seus feitos. Desconfiados, a LJA se reúne para combater o que eles acreditam que seja uma invasão em massa. As equipes acabam se enfrentando e os Justiceiros tombam um por um e são capturados, menos Batman, a quem não decidiram procurar, já que para os membros do Hyperclan, ele não passava de um humano e logo morreria nas condições que estava (seu Batplano havia acabado de ser destruído com o herói, aparentemente, dentro dele).
Estavam enganados. O Cavaleiro das Trevas ressurge no quartel-general dos extraterrestres e acaba os derrotando usando sua maior fraqueza: fogo. O herói deGotham acabou descobrindo que o Hyperclan era na verdade um grupo de Marcianos Brancos que estava preparando uma invasão em massa a Terra. A LJA se liberta e entra em confronto novamente com os alienigenas. Vitoriosos, Superman alerta a toda população a como combater os Marcianos Brancos: usando o fogo. Por fim, a invasão é repelida.
Os Marcianos Brancos são presos na Zona Fantasma enquanto outros têm sua mente alterada para agirem como humanos. Vale destacar que ao término deste arco a equipe ganhou uma nova base, a Torre de Vigilância na Lua para que pudessem estar a par de tudo o que acontecesse na Terra.
Já no próximo arco da revista, Morrison teve que lidar com a transformação do maior ícone da DC em algo novo. Naquela época, Superman foi transformado em um ser elétrico. Mesmo assim, Morrison é apontado até hoje como um dos que melhores escreveu o Superman elétrico. Na história em que o novo e reformulado Superman se apresenta, a equipe passava por um processo de recrutamento.
Detonador, Hitman, Max Mercurio, Arqueiro Verde II (Connor Hawke), Aço, Aztek, Supergirl (Linda Danvers), Ártemis até foram chamados para comparecer na Torre,mas nenhum passou a integrar a equipe. Nisso, surge a Mulher do Amanhã (Clara Kendall), criada em conjunto pelo Professor Ivo e Professor F.U. TURO para destruir orecém-formada Liga. Ela acabou se tornando membro da equipe, enquanto na verdade ela era uma bomba viva projetada para explodir num determinado momento para matar toda a equipe. Eventualmente, porém, ela negou o seu propósito, descobrindo o conceito de liberdade que seus criadores haviam deliberadamente deixado de fora de suaprogramação.
Ela se sacrificou a fim de parar uma máquina de guerra futurista, disparando uma bombaEMP localizada em seu corpo, que foi originalmente destinada para limpar o a mente dos membros da Liga.
Logo em seguida, a equipe teve que enfrentar a fúria divina, literalmente. Na trama, a Liga conheceu Zauriel, um anjo que assumiu forma mortal devido ao seu amor por uma mulher que ele foi designado para proteger como anjo da guarda. Zauriel, então, ajudoua Liga da Justiça a derrotar os exércitos de Asmodel.
De volta a sua base, a equipe acaba sendo atacada e capturada pelo reformuladoChave. O vilão acaba prendendo os membros da equipe, fazendo com que eles sonhem com novas vidas.
A Liga a acaba sendo salva por Connor Hawke, filho de Oliver Queen, o Arqueiro Verde, que passa a integrar a equipe. Além dele, o herói Aztek (Curt Falconer), também se tornou membro da Liga em Aztek #10.
Com isso, se inicia um dos arcos mais famosos desse período, A Pedra da Eternidade (Rock Of Ages). Na complexa trama, Lex Luthor surge com sua nova Gangue da Injustiça: Circe, Coringa, Mestre dos Espelhos II, Mestre dos Oceanos, Doutor Luze Jemm, o Filho de Saturno, que estava sendo usado pelos vilões, que estavam desfrutando de seus poderes telepáticos. De seu satélite, os vilões comandam o ataque devastador do Esquadrão Vingador (duplicatas malignas dos sete principais membros da Liga que na verdade são hologramas de luz sólida) a Star City.
Após derrotá-los e terem enfrentando a crise da Godwave (na ainda inédita saga noBrasil Genesis), os membros da Liga se reúnem na Torre para voltarem ao assunto do ataque a Star City. Aquaman assinala que sua duplicata maligna foi avistada no Oceano Índico, segundos antes de uma massa enorme de água desaparecer. Enquanto Batman apresenta sua idéia, o pedaço que falta no oceano Índico “cai” em San FernandoValley.
Enquanto Arqueiro Verde e Lanterna Verde resolvem a situação, Flash, Aquaman eAztek permanecem na Torre, onde encontram Metron dos Novos Deuses, que diz que eles devem encontrar a Pedra Filosofal, ou toda a realidade vai sofrer. Enquanto isso, Arqueiro Verde e Lanterna Verde acabam sendo lubridiados por Circe, que convence o jovem Arqueiro a se tornar membro da Gangue.
Enquanto Lex Luthor executava seu plano contra a Liga no comando da Gangue da Injustiça, Flash, Lanterna Verde e Aquaman eram levados numa viagem interdimensional em busca da Pedra Filosofal, que os fez conhecer o Mundo das Maravilhas. Uma Terra onde tudo existia em proporções gigantescas, evolução de Mammord, o mundo original.
Seu principal defensor era Adão Um, veterano de bilhões de anos na luta contra o caos e ao seu lado havia heróis vindos de diversos pontos da criação. "Cruzamos a fronteira do espaçotempo em velocidade hipertemporal. Defendemos os limites do universo conhecido. Além dele só há o abismo eterno... e o anti-sol. Juntem-se a nós, como tantos outros", disse ele aos heróis da Liga, que, obviamente, recusaram a proposta, por ter questões mais prementes a resolver naquele momento.
Na Terra, Batman está concluindo suas negociações com o Mestre dos Espelhos, o único mercenário na Gangue da Injustiça. Ele adverte que eles têm quatro minutos. Tão logo ele quebra contato, Batman recebe seus companheiros restantes para atacar o satélite da Gangue.
Enquanto isso, Aquaman, Flash e Lanterna Verde reentram na órbita da Terra. Eles pensam que está tudo bem, mas quando vêem que a Europa foi substituída por um Poço de Fogo Apokoliptiano, eles percebem que estão no futuro. Na Terra, seus corpos são substituídos por suas versões futuras.
Os três descobrem que Darkseid é o novo soberano da Terra, desde quando ele invadiua Terra após a destruição Pedra Filosofal. Nisso, eles reúnem outros heróis restante para ajudá-los. A equipe rebelde felizmente consegue matar Darkseid, graças a versões de Arqueiro Verde e Eléktron daquele futuro.
No passado, a Liga recebe a ajuda do Homem-Borracha contra a Gangue da Injustiça, enquanto é revelado que o Arqueiro Verde estava agindo como um agente infiltrado entre os vilões.
Os vilões acabam sendo derrotados e é quando Luthor apresenta sua arma secreta, oWorlogog, um mecanismo de tempo abrangente que poderia ser usado para dobrar o tempo e o espaço. Envolto em um cristal, o Worlogog foi chamado de Pedra Filosofal na Terra, onde se perdeu durante quatro mil anos. No século 20, a Pedra Filosofal foi descoberta na Colômbia. Um senhor da guerra colombiano estava usando-a como um peso de papel até que uma equipe de aquisições da LexCorp a descobriu e a" libertou”de seu proprietário atual, dando-a para Lex Luthor, que começou a discernir a verdadeira natureza da Worlogog dentro da Pedra Filosofal. Em sua tentativa de derrotar a Liga da Justiça, Luthor e sua Gangue da Injustiça usaram a Pedra para criar várias ameaçaspara manter a Liga da Justiça estrategicamente dividida. Luthor usou a Pedra Filosofalpara criar um falso Metron, que enviou Aquaman, Flash, Lanterna Verde através de tempos e dimensões. 
Enquantoestavam nessa viagem, Lanterna Verdeconheceu o Homem-Hora do século853, que lhe disse que a Pedra Filosofalestava sendo usado no século 20, e que poderia dobrar o tempo e espaço.Nisso, Lanterna, Aquaman e Flash voltam do futuro, chegando a tempo de conseguirem avisar ao Caçador de Marte, que evitou Superman de destruir o objeto, o que ocasionaria no futuro apocalíptico onde Darkseid seria o soberano da Terra. Logo depois, a equipe conseguiu retirar a Pedra das mãos do Coringa. Luthor, então, entra em acordo a Liga usando a Pedra para que ninguém havia morrido no ataque a Star City. Com isso, a Liga destruiutodas as provas da trama da Gangue daInjustiça e com isso, Luthor vai emboraatravés de um dispositivo de teletransporte que ele comprou deMestre dos Espelhos. A Liga acaba finalmente podendo entregar oWorlogog ao verdadeiro Metron,desviando-o do caminho da Terra. Antes de partir, Metron alertou a equipe:"Vocês são como crianças para mim. Pouco compreendem. Mas há uma semente... O Mundo-Mãe foi partido pelas guerras dos velhos deuses. Esse mundo se tornou dois: Apokolips e Nova Gênese. Nasceram os Novos Deuses. Com o tempo, também eles passarão. Nossa guerra continua, mas encontramos o berço planetário dos deuses que virão. Vocês são... os precursores. Defendam bem a Terra".
De qualquer modo, após esta grande aventura, Aztek deixou a Liga após descobrir que o verdadeiro financiador do projeto que lhe deu poderes era Lex Luthor e como maior conseqüência, a Liga decidiu se dissolver. Felizmente, a Liga da Justiça manteve-se desativada por um curto período, retornando logo com o reforço dos novos integrantes, Homem-Borracha, Aço, Hipólita (que na época estava agindo como Mulher Maravilha),Caçadora, Zauriel e Oráculo. Contra Prometheus, a Liga também recebeu a ajuda daMulher-Gato.
Após o ataque de Prometheus, que quase os venceu sozinho, recebem a visita deTakion, novo Pai Celestial de Nova Gênese, que trouxe consigo os Novos DeusesOrion e Grande Barda, designados como protetores da Terra contra o inimigo das previsões de Metron. A partir de então, os dois passaram a integrar as fileiras da equipe.
Neste período, Superman volta a ser como era, assim como Diana reassume o título de Mulher Maravilha, enquanto a Liga se encontram com Sandman (Daniel Hall).
Ao fim desta aventura, a equipe recebe a visita da Legião da Justiça A (versos futurísticas da Liga vindas do século 853).
A chegada deles ocasionou a mega-sega da DC na época, DC 1 Milhão (também escrita por Morrison). A premissa da série era imaginar o Universo DC no mês em que teoricamente seria publicada a milionésima edição de Action Comics, a revista que lançou o Superman.
O núcleo do evento foi uma mini-série em quatro edições, na qual a Legião da Justiça Avolta no tempo para convidar a Liga da Justiça do século 20 para as festividades do retorno do Superman I (Superman original ou Superman Primordial) do Sol, depois de milênios de estadia dentro dele (este Superman é nada mais do que o Superman do nosso presente).
Preocupados com a segurança da Terra, a Legião da Justiça A decide substituir a LJA no posto de defender o universo, enquanto eles vão para o futuro.Porém, um vírus instalado por Vandal Savage no Homem-Hora do século 853 é liberado pelo mundo, sendo letal tanto para máquinas quanto para humanos.
A Liga da Justiça da América do século 20 e a Legião da Justiça A cooperaram para acabar com o plano do supervilão Vandal Savage (que, sendo praticamente imortal, existe em ambos os séculos bem como em todos os séculos entre eles) e destruir o futuro inimigo do Superman: Solaris, um Supercomputador/Estrela.
Curiosidade: Durante a saga, todas as séries publicadas pela DC também colocaram uma edição única numerada #1.000.000, que mostrava o envolvimento dos personagens na trama central ou mostrava o que seus descendentes/sucessores estavam fazendo no século 853.
Após a saga, a equipe teve que enfrentar os Ultramarines, grupo criado pelos EUAcomo um grupo de super-humanos patrocinados pelo governo para rivalizar com a mais independente Liga da Justiça. Liderado pelo General Wade Eiling, os membros originais da equipe eram Bélico Um, 4-D, Pulsato e Glob.
Durante uma briga com a Liga, os Ultramarines perceberam que estava sendo lubridiados pelo perigosamente insano General Eiling, seu comandante, diagnosticado com um tumor inoperável no cérebro, transferiu sua mente para o corpo do indestrutível Shaggy Man (fazendo algumas melhorias nele) e se tornando a criatura extremamente poderosa conhecida como General. As duas equipes se uniram e teleportaram Eiling pra Eros 433, uma rocha no espaço, onde ele se tornaria inofensivo.
Tendo desenvolvido uma desconfiança pelo governo, os Ultramarines, posteriormente,declararam-se independentes de qualquer e todas as nações e construiram uma cidadeflutuante para morar, que deram o nome de Superbia, uma cidade flutuante acima das ruínas de Montevidéu, destruída durante DC 1 Milhão.
Logo em seguida, a equipe enfrentou Amazo e junto com a Sociedade da Justiça e o novo Jakeem Trovoada, se envolveram na Crise Interdimensional, saga que colocou Sociedade da Justiça e Liga da Justiça juntas novamente, desta vez para impedir o ataque de um gênio maligno da 5ª Dimensão, que havia se unido ao herói renegadoTriunfo. Nesta história, temos o retorno de Relâmpago, que agora passou a ser controlado pelo garoto Jakeem Trovoada, que visitou o asilo onde Johnny estava internado e pegou a caneta onde o gênio é armazenada. Por fim, após ser revelado queQwsp, antigo personagem da 5ª Dimensão coadjuvante de Aquaman, estava por trás de tudo isto e este ser derrotado, ocorre a fusão dos dois gênios e tudo fica bem. Posteriormente, enfrenta uma crise envolvendo Marcianos Brancos e Bruce Wayne.
A Liga da Justiça também se envolveu com os Titãs quando Victor Stone, o Cyborg, com seu traje bélico, o Omegadromo decidiu reconstruir o Império de Technis e logo Cyberion capturou uma variedade de “entulhos” de tecnologia de outros planetas. Ao se dirigir à Terra, decidiu transformar nossa Lua em um o novo planeta Technis, povoando-a com seus amigos Titãs.
A LJA e os Titãs primeiramente se confrontaram quanto ao que fazer com Victor, mas logo se uniram para impedir Victor, assim eles conseguiram abrigar a alma de Victor no Omegadromo, recuperando assim a personalidade do amigo, fazendo com que ele retorna-se a ser o Cyborg.Esta saga reuniu todos aqueles que já foram ou ajudaram os Titãs e marcou o início de uma nova fase na vida dos jovens heróis.
Em Janeiro de 2000, foi lançada a Graphic Novel JLA: Earth-2 (LJA: Terra 2), escrita por Grant Morrison e desenhada por Frank Quitely. A história reintroduziu a Sindicato do Crme da Amérika, ALex Luthor e sua Terra. Desta vez, foi estabelecido que as duplicatas malignas da Liga da Justiça (originalmente vindos da Terra 3 do antigoMultiverso Pré-Crise), viviam na Terra de Antimatéria, que se encontra no Universo de Antimatéria, o mesmo que abriga Qward. Na trama, Alexander Luthor escapa de sua prisão e parte para a Terra em busca da ajuda da Liga da Justiça, como a última esperança de todo um planeta. Com um pedido desesperado desse outro Luthor, a Liga Da Justiça parte uma tentativa de salvar esse mundo caótico e novo que descobrimos.
Uma vez lá a Liga da Justiça enfrenta Ultraman, Coruja, Anel Energético, Johnny Quick, e Supermulher, o Sindicato do Crime. A Liga os prende na lua. Não contando com esquemas que Coruja tem para se livrarem de quase todas as situações sempreque possível, o Sindicato do Crime viaja para a Terra da Liga da Justiça e começam uma carnificina na tentativa de conquistar o planeta.
Ambas as equipes descobrem que eles são incapazes de cumprir suas próprias metasna Terra dos outros. A Liga da Justiça não pode salvar a Terra de antimatéria, já que a população, em grande parte, aceita o Sindicato do Crime como uma entidade legítima para sua Terra. Enquanto isso, o Sindicato do Crime não pode controlar a Terra da Liga.Ambas as equipes decidem retornar as suas respectivas Terras.Embora seu plano de derrubar o controle do Sindicato tenha falhado, Luthor ganhou aliados para lutar contra oSindicato do Crime.
Finalmente começa a Terceira Guerra Mundial. Para fechar todos os prenúncios do Conhecedor e de Metron, temos, na edição especial New Gods: Secret Files & Origins, uma história de duas páginas que revela a identidade daquele que estava por vir. Quando questionado pelo Sr. Milagre, Takion responde, pronunciando o nome escrito naMuralha da Fonte: "Mageddon. O que traz a guerra. O Anti-Sol". Finalmente, na primeira parte da saga da Liga contra os Ultra-Marines, Aço descobre que Grande Barda havia transformado as máquinas da Torre de Vigilância em tecnologia dos Novos Deuses. Enquanto, em Nova Gênese, Metron afirma que, segundo seus cálculos, Mageddon estaria na Terra dentro de dois meses. O Sr. Milagre, então, indaga se já não seria hora de avisá-los.
Sabemos que Mageddon era a última - e mais mortal - arma remanescente do mundo dos Velhos Deuses, cuja destruição originou Nova Gênese e Apokolips. Seu poder era o de gerar guerra de forma irracional, de incitar violência e agressividade entre as pessoas. Estando próximo da Terra, os primeiros afetados são aqueles com predisposição ao mal e, naturalmente, os supervilões.A primeira manifestação de Mageddon enfrentada pela Liga da Justiça, portanto, ocorre durante uma revolta em Belle Reve, prisão onde são mantidos alguns dos mais perigosos vilões do Universo DC. Após algumas lutas, a situação é controlada pela equipe, que encontra a origem da violência no telepata Hector Hammond. Este estava com sua enorme cabeça envolvida por um nefasto globo ocular, que o controlava. Como Orion e Zauriel logo confirmaram, era o primeiro emissário de Maggedon.
Logo em seguida, Sr. Milagre chega à Terra e a reunião da nova Gangue da Injustiça: Lex Luthor, Prometheus, Abelha-Rainha e General Além disso, duas guerras iniciam-se em diferentes pontos do planeta.
O destino do Mundo das Maravilhas também é revelado logo. A terra dos maiores campeões do universo é visitada por Mulher Maravilha, Metron e Grande Barda, que encontram um cenário desolador. Estando à beira da morte, um de seus heróis ainda consegue dizer que se voltaram uns contra os outros, incapazes de resistir a Mageddon. O quartel-general de Prometheus, como já sabíamos desde sua origem, ficava numa espécie de Zona Fantasma, a mesma Zona Estável onde se localizava a nave dos marcianos brancos e, através dela, a Gangue da Injustiça dispunha de acesso livre àTorre de Vigilância da Liga.
Assim, enquanto em Gotham, Prometheus faz uma visita a Oráculo, a Torre é invadida e "recheada" de bombas, cuja detonação não tarda muito a começar. E assim começa a batalha entre as duas equipes, enquanto uma frota de naves-abelhas prepara-se para atacar a Terra.
De volta à Torre, Luthor começa a ser dominado por um novo globo ocular enviado por Maggedon, e a Caçadora é derrubada por Prometheus, que também retornava após quase ter assassinado Oráculo. Enquanto isso aumenta o número de conflitos bélicos ao redor do mundo.
Em Nova York, um dominado Aço e a população atendem ao comando hipnótico da Abelha-Rainha e começam a construir, a partir do lixo, uma gigantesca colméia, estando apenas Mulher Maravilha, Grande Barda e Homem-Borracha disponíveis para detê-los.
Em Gotham, Metron visita Oráculo e a presenteia com uma Caixa-Materna.Paralelamente, membros da Sociedade da Justiça, dos Titãs e da Justiça Jovemreúnem-se com antigos membros da Liga e diversos heróis na embaixada norte-americana da equipe. Com a ação do Caçador de Marte, Luthor é libertado e trazido à Terra pelo Lanterna. Superman, Batman e J’onn decidem penetrar a Zona Fantasma. Logo em seguida, explode a última bomba e a Torre é definitivamente destruída, com Zauriel ainda presente.
A derrocada final da Gangue da Injustiça começa quando na Zona Fantasma, o General é jogado no vazio por Sturmer, o cão de guerra que acompanhava Orion, e os dois perdem-se para sempre e a Abelha-Rainha é derrotada e enviada de volta ao seu planeta, via tubo de explosão.
Já no espaço próximo à Terra, diversos super-heróis combatiam as naves-abelhas e vislumbravam a face demoníaca de Mageddon. Tendo a opção de teletransportar-se para qualquer lugar com a tecnologia de tubo de explosão de Orion, Superman decide ir diretamente para o interior de Mageddon.
Em Gotham, a caixa-materna dada por Metron moderniza todo o equipamento de Oráculo e concede-lhe telepatia digital, que a deixa mentalmente conectada aos demais heróis. Nesse momento, o mundo entra em guerra. Na Embaixada da Liga, o Homem-Animal diz ter descoberto de que forma Mageddon exerce sua influência maligna e, a partir daí, surge uma idéia de como enfrentá-lo.
O herói marciano, da Terra, tenta contato telepático com Superman, que estava no interior do inimigo, mas encontra o filho de Krypton acorrentado, agonizando. Com a Gangue da Injustiça derrotada, era hora de se voltar completamente contra Mageddon. De acordo com a explicação do Homem-Animal, o monstro agia estimulando em cada pessoa o complexo do cérebro herdado dos répteis, algo que ele percebeu devido à sua conexão com o campo morfogenético do planeta, que molda todos os seres vivos. Logo, auxiliado pela Mulher Maravilha, Aço e Besouro Azul, e contando com a energia do Raio Negro, começam a construir uma máquina que provocaria o efeito inverso, despertando um potencial evolutivo futuro. No Paraíso, o anjo Zauriel encontra tropas celestiais que praticamente haviam abandonado a Terra, mas decide mudar tal situação.
Na embaixada da Liga, Batman se junta ao elo telepático do Caçador de Marte com Superman, que tinha sua força de vontade totalmente consumida por Maggedon.
Aztek, Orion e o Lanterna também penetram o interior da máquina. Aztek cumprindo o destino para o qual sempre se preparou, se sacrifica, mas consegue ferir o monstro.
Na Terra, os anjos aliados a Zauriel entram em ação e convencem os grandes líderes mundiais a interromper suas ordens de ataque. Glimmer, um sobrevivente do Mundo das Maravilhas, entra em cena, trazido pelo Flash; e sua energia é fundamental para a máquina evolutiva antiguerra.
Acionada com sucesso, ela transforma (por tempo limitado) a população do mundo num exército de super-humanos que, sob o comando da Mulher Maravilha, partem para o espaço decididos a confrontar Mageddon. A entidade revida e mata.
Incitado por Batman, no entanto, o Homem de Aço consegue se recuperar e ataca a fonte de poder de Mageddon, um gerador de anti-luz solar.
Com imbatível determinação, Superman absorve toda a energia e garante a vitória da humanidade.
A última cena se passa uma semana depois, na Torre de Vigilância, parcialmente reconstruída. Os Novos Deuses se despedem e Metron profetiza que na Terra nascerão os deuses do Quinto Mundo. Repentinamente, Oráculo faz contato e anuncia o retorno do vilão Destino. Os sete heróis remanescentes, então, partem para uma nova aventura.Morrison se despedia da LJA após uma brilhante fase. Era o ínicio de uma nova fase..
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