Os Novos Deuses foram criados a partir da morte dos Velhos Deuses, em um evento chamado Ragnarok. Por muitos séculos, dois astros se resfriaram e finalmente geraram vida, assim surgindo Nova Gênese, um mundo magnífico repleto de esperança e vitalidade onde surgiu Pai Celestial e seus aliados; e o desolado e horrendo mundo de Apokolips, onde nasceu o demoníaco Darkseid e suas legiões infernais. Os Novos Deuses estavam sempre em permanente conflito. Os lares destes seres incríveis ficam em uma dimensão isolado do Universo. A única forma de chegar até lá era usando os assim chamados Tubos de Explosão.
Certa vez, numa tentativa de parar a destrutiva guerra entre eles, os filhos do Pai Celestial e de Darkseid foram trocados. Dessa forma, Scott Free (futuro Sr. Milagre), filho de Pai Celestial, foi trocado por Órion, filho de Darkseid. Criado em Nova Gênese, Órion se tornou um brutal guerreiro obcecado pela destruição de seu pai biológico. Já em Apokolips, Scott se tornou um dos maiores mestres de fuga do Universo, fugindo para a Terra.
Obcecado pela Equação Antivida, um cálculo matemático que daria controle absoluto sobre toda vida, Darkseid destinava parte de sua vida a procurando, até que descobriu que quocientes da equação estavam escondidos no subconsciente de alguns terráqueos. Com isso, não apenas os malígnos deuses de Apokolips passaram a interagir com a Terra, como a maioria dos Novos Deuses que existem. A partir daí, muitos Deuses desembarcaram em nosso planeta como: Sr Milagre (Scott Free) e sua esposa Grande Barda, Metron, Magtron, Forrageador, Kalibak e Grayven (filhos de Darkseid),Vovó Bondade e Desaad (ajudantes íntimos do tirano de Apokolips), etc.
Na Terra, Darkseid acabou ganhando grandes inimigos, mas o principal foi Superman. Alguns Novos Deuses interagiram com os Titãs, como Pequena Barda e Poderoso.
Em certas ocasiões, Nova Gênese e Apokolips se uniram para enfrentarem grandes ameaças, como no evento conhecido como Odisséia Cósmica.
Tempos depois, os Novos Deuses foram assassinados pelo Homem-Infinito, que estava servindo como agente da Fonte, que queria unir-se novamente ao seu lado sombrio, a Antivida, para formar o Quinto Mundo. Por fim, Órion acabaria assassinando seu pai na Terra, concretizando a profecia que dizia que ele iria matar seu pai.
Porém, Darkseid ressuscitou na Terra no corpo de Dan Turpin, assim como os deuses malignos voltaram em novos corpos. O evento conhecido como Crise Final, mostrou Darkseid, usando a Poltrona Mobius de Metron para assassinar seu filho com uma bala que retrocedeu no tempo. O vilão também controlou toda a Terra a partir da Equação Antivida. Felizmente, o vilão foi ferido com a mesma bala que usou para matar seu filho, dessa vez usada por Batman e, em seguida, foi destruído pelos Flash Barry Allen e Wally West, que usaram o Corredor Negro, e Superman, que usou contra-vibrações para tal.
No fim da Crise Final, os Novos Deuses de Nova Gênese aparentemente foram vistos renascendo no Quinto Mundo, a Terra 51.
